Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 828,372 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 828,373 | 0 | G | C | 100.0% | 803.9 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (173/166); total (173/166) | |||||||||||
* | CP042583 | 828,374 | 0 | C | G | 99.4% | 804.1 / NA | 339 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (172/165); minor base T (1/1); total (173/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GCTTAAGTTAAGTGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCAGCCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCAGCTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACATTTATCACGGTTCCGTTGATCCTCGCCGCGATGGTTGTGCATTTAAGCGGGCCGTTAATCCTGGAGCAAGGGTTATGGTTTCTTGCCGACCGGTCTTTGGCTTTACTTTTCTGGGGGTTAAAGAGTTTGCCGGAAGGGTGGATCAACATTGCTGAATGTTGGCAATGGCTAAGTTTTTCCCCATGGTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGT > CP042583/828092‑828650 ||| gtGGGCGACAGTGGAGTGGCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCTGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTCCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGTCATTAGTTCTACCTCGTTTATTGCAAATCTAtt > 2:2980952/1‑289 (MQ=255) agtggCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTCATCCATCTGCAACTGGGAATCACACTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCGTCATATTTCATGGCATTAGTCTGACCTCGTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTgg > 1:856710/1‑289 (MQ=255) gCTGGGATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATCGCTCTTTTGGTACCAGTGGTTTACCTGTCCTGAGGTGCAACTGCCGCCGGTATTGGGTGCAGTTGTCTCCCTTGTCCCTCTGTAACTGGGAATCACCCCTATGATATTGCTCGTTCTAATGGTCATATGTTATGGCATTAGTCTGTCCTCGTTTATTGAAAATCTAATAGTCATTCCCTTgaggat > 2:240904/1‑284 (MQ=255) gggATGTATGGATATGTTGTCTGGCGGCAATTTTGCTGATGGATCCTGTTGCCATTCTCTCGCAAAGTTTATGGCTCTCTGCCGCTGCGGTCGCGGCATTGATATTTTGGTATCAGTGGTTTCCCTGTCCTGAGTGGCAACTGCCGCCGGTATTGCGTGCAGTTGTTTCCCTTATCCATATGCAACTGGGAATCACCCTTCTGCTTATGCCCGTGCAAATCATCATATTTCATGGCATTTGTCTGACCTCTTTTATTGCAAATCTATTAGCAATTCCCTTGGTGACAtt > 2:1326593/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |