| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 830,781 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 830,781 | 0 | A | T | 99.7% | 695.5 / ‑6.2 | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/164); minor base C (1/0); total (128/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 830,782 | 0 | G | C | 99.7% | 693.7 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (126/164); total (128/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 830,783 | 0 | C | G | 99.0% | 684.5 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (124/164); total (128/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.20e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
AAGGTAAGCGCGTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTAGCGGTAAAAGTACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGAGCTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGAGCCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGAACAGTACAGCCGTGAGCAAATTGAAGAAGCGGCGCGTATGGCCTACGCCATGGACTTCATCAATAAGATGGATAACGGTCTCGATACAGTGATTGGTGAAAACGGCGTGCTGCTCTCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTATTGCTATCGCTCGAGCCTTGTTGCGTGATAGCCCGATTCTGATTCTGGACGAAGCTACCAGCGCTCTGGATACCGAATCCGA > CP042583/830503‑831061 ||| aaGGTAAGCGCGTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATg > 1:629031/1‑288 (MQ=255) aGCGCGTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTcc < 1:824466/285‑1 (MQ=255) aGCGCGTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTcc > 2:824466/1‑285 (MQ=255) gTGATCGAGCGTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCGCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTGTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑Gttt < 1:2982086/288‑1 (MQ=255) 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gTGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACgg < 1:1965149/288‑1 (MQ=255) tGCGACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTcc < 2:3089539/269‑1 (MQ=255) gACTGGCGACGTGGAATTCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCt < 1:1346718/289‑1 (MQ=255) 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tCCGCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGc < 2:171144/289‑1 (MQ=255) tCCGCAATGTCACCTTTACGTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGATAATACCGGCAGGGAATACGCTTGCTCTGGTTGGACGCTCTTGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACTTAACCAGGTTGCTC‑TGGTTTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTTCTTACGc < 1:2188757/289‑1 (MQ=255) gCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACg > 2:2006476/1‑289 (MQ=255) gCAATGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACg < 1:246658/289‑1 (MQ=255) aaTGTCACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGa < 1:2006476/289‑1 (MQ=255) gTCACCTTTACTTAGCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGGAACATCACCCTGAAAATGCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAGGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGGTGCTTACAACATTGCTTACGCACGGACTg < 1:413926/289‑1 (MQ=255) caacTTTACTTACCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGaa < 1:2732022/286‑1 (MQ=255) cACCTTTACTTATCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGaa < 1:2629001/289‑1 (MQ=255) aTCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGaa < 1:191897/278‑1 (MQ=255) aTCCGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAAAATTGCTTACGCACGGACGGAACAGTACAGcct > 2:314334/1‑288 (MQ=255) aTCCGGGACGGGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACg < 2:2256471/271‑1 (MQ=255) ccGGGACGTGACGTACCTGCATTGCGTAACATCAACCTGAAAATTCCGGCAGGGAAGACGGTTGCTCTGGTTGGACGCTCTGGTTCGGGTAAATCAACCATCGCCAGCCTGATCACGCGTTTTTACGATATTGATGAAGGCGAAATCCTGATGGATGGTCACGATCTGCGCGAGTATACCCTGGCGTCGTTACGTAACCAGGTTGCTC‑TGGTGTCGCAGAATGTCCATCT‑GTTTAACGATACGGTTGCTAACAACATTGCTTACGCACGGACTGAACAGTACAGCCGTg > 2:924022/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |