Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 831,506 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 831,506 | 0 | A | T | 99.4% | 730.6 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (149/158); minor base G (1/1); total (150/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 831,507 | 0 | G | C | 99.7% | 727.6 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/158); minor base A (0/1); total (150/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 831,508 | 0 | C | G | 100.0% | 741.0 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (150/159); total (150/159) |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTAAGCCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGAGCGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTG‑ATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGT > CP042583/831226‑831785 ||| cgcAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATAtggt > 1:1839734/1‑289 (MQ=255) aaattccaaaaaGGCGGTTTGGCTAATTGTCGAAAAATTCGGGTCTGGTGAGTCCCCTTTGTGGCGGCTTTTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCT‑GTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATggtggt < 2:2601093/280‑1 (MQ=255) acaATATGCAGTTTGGCTAATGAGCGAAAAATTCTGGTCGCGTGCCTCGCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCGACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGTGTGGCGCGATCCTTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCt < 2:822871/289‑1 (MQ=255) tGCAGTTTGGCCAATGATCGCAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCCGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCCATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCTCAGGCGGCCACGGAAAAACCCCGGTCCTTGTCCGGCTGGGCGAACAGGTTCATCCGAGCGGCATTCGCGGGTGGGTGGTATCGCGGGGGTATGGTGATAAGGCTGAAtat > 2:469270/1‑287 (MQ=255) 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ccAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTg < 1:1317969/288‑1 (MQ=255) aTGATCGAAAAAATCTGGTTTGGGGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTTTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTAt < 1:1880211/289‑1 (MQ=255) tCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATACGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAgg > 1:2329164/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |