| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 831,551 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 831,551 | 0 | A | T | 100.0% | 760.2 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (153/165); total (153/165) | |||||||||||
| * | CP042583 | 831,552 | 0 | G | C | 99.4% | 751.7 / NA | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (151/164); minor base A (1/1); total (153/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 831,553 | 0 | C | G | 99.4% | 749.8 / ‑2.6 | 318 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (152/164); minor base A (1/1); total (153/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.19e-01 | |||||||||||
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTAAGCCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGAGCGCAGATACCACA‑ACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCA‑ACGCACTGATGCGCCTGTTGCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTG‑ATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGAGCGT > CP042583/831278‑831831 ||| cggcTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACA‑ACAGCACAGGCGGGTGATGaa < 1:1819709/288‑1 (MQ=255) gcTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGCGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCCGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGCATTTGGTGGTAAAGCGGCATCTTATCCGCTGTTATTTTCGGGAGATACACCA‑ACAGCCCGGGCGGGtgacacaccg > 2:1747214/1‑282 (MQ=255) gtaagagaaagctctTGGTTTTATGGACTGGTGTGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTAGAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACA‑ACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTgtgt < 2:1807787/278‑1 (MQ=255) tgctgcCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACcac < 1:3046410/259‑1 (MQ=255) tgctgcCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACcac > 2:3046410/1‑259 (MQ=255) gcCACTCTCCTGGTTGTAGGGCCTGGTGAGGGGCGCGATCCGTCTTTGCTATACACTAAAACGGAAGCGCGACTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGTTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACA‑ACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGAtt < 1:1420209/289‑1 (MQ=255) ttctcTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGGAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACA‑ACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCa < 1:288924/285‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |