| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 832,286 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 832,286 | 0 | A | T | 99.6% | 626.9 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (135/127); total (136/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 832,287 | 0 | G | C | 99.2% | 610.8 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (134/126); total (136/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 832,288 | 0 | C | G | 99.2% | 622.2 / NA | 263 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (134/125); minor base T (1/1); total (136/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
GTGTGGCGTACAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATTTGCCTGTAGACGCACAGCTTAGTGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAATTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGAGCCTGCCGCACCTCTCCCTTGCTGATGCGCGTAATCTTCACCTTGCCGCACAAGGCCTGTTAAACAAACCCCGCCGTCGAGCGAGCTTGGAGGATATTCCGGCAACGATCTCCCGCATGTCCTTGCTGCAAATCGATACCATCAATATTGTTGCCCGTAGTCCATATCTGGTGCTTTTCAGTCGTCTGGGAAATTATCCTGCCCAGTGGCTGGATGAGTCTCTGGCGCGTGGCGAATTAATGGAATACTGGGCGCATGAAGCCTGCTTTATGCC > CP042583/832009‑832560 ||| gtgtgGCGTAAAACCGGAAAAATGTGTACCGCTGGCCGATCATCAGTCTTTGAACCATGCGGATGTCAGTGCGTTGGTAAGCGCCGGGCAAACGCTGGTAATGACTGAAAAAGATGCGGTGAAATGCCGGGCCTTTGCAGAAGAAAATTGGTGGTATGTGCCTGTAGACGCACAGCTTTCAGGTGATGAACCAGCGAAACTGCTTACGCAACTAACCTTGCTGGCTTCTGGCAACTAGTTACGCCGCGGCAGCGTTCGATTGATGGAGTCATGAATGTCGCTGCCGCAc < 1:3088427/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |