Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 833,994 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 833,994 | 0 | A | T | 99.5% | 922.9 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 833,995 | 0 | G | C | 99.7% | 929.9 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (190/197); minor base T (1/0); total (191/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 833,996 | 0 | T | A | 99.7% | 933.1 / NA | 388 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (190/197); minor base G (1/0); total (191/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
AACTGCTGATGAGAGTAAATCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCT‑ACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAAAGTGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGAGTGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCAGGGTGATGAACCGATGATCCCTGCGACAATCATTCGTCAGGTTGCTGATAACCTCGCTCAGCGTCAGGTGGGTATGGCGACTCTGGCGGTGCCAATCCACAATGCGGAAGAAGCGTTTAACCCGAATGCGGTGAAAGTGGTTCTCGACGCTGAAGGGTATGCACTGTACTTCTCTCGCGCCACCATTCCTTGGGATCGTGATCG > CP042583/833754‑834271 ||| atgagagtaaaTCATGAGTTTTGTGGTCATTATTCCCGCGCGCT‑ACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGACAGTCGGGCGGGAGTGGGCGAAAAATGCGCATTCAGGGACGACACg > 2:16715‑M2/12‑289 (MQ=255) 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ttttGTGGTCATTATTCCCGCGCGCT‑ACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCa < 1:2290673/288‑1 (MQ=255) tgtttcggTCATTTTTCCCGC‑CGCTGACGCGGCCCCGCGCCTGGCCGGTAAAACATTGGTTGATATTAACGGCAAACCGATGAGTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGAGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCa < 2:879243/282‑1 (MQ=255) tttGTGGTCATTATTCCCGCGCGCT‑ACGCGTCCACGCGTCTGCCCGGTAAACCATTGGTTGATATTAACGGCAAACCCATGATTGTTCATGTTCTTGAACGCGCGCGTGAATCAGGTGCCGAGCGCATCATCGTGGCAACCGATCATGAGGATGTTGCCCGCGCCGTTGAAGCCGCTGGCGGTGAAGTATGTATGACGCGCGCCGATCATCAGTCAGGAACAGAACGTCTGGCGGAAGTTGTCGAAAAATGCGCATTCAGCGACGACACGGTGATCGTTAATGTGCa < 1:1051956/287‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |