Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 836,919 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 836,919 | 0 | A | T | 100.0% | 757.6 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 836,920 | 0 | G | C | 99.7% | 748.6 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/144); minor base T (1/0); total (171/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 836,921 | 0 | C | G | 100.0% | 753.4 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (171/144); total (171/144) |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTAGCCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGAGTGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGAGCTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTAGCCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTATCTGTGGCTGGAAGAAGCTGGTTGGCAAATTATGGGTAAGACAGGCGTTCGCGTGTTTCATGATTATCTGCGCGAGAAACACCAGCAGCGCGACTGCTATGAAGCATTACTTGAATTAGAAACGCGTTATTGCCGTCAGG > CP042583/836642‑837198 ||| tGGAGAAGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGtt < 1:532128/288‑1 (MQ=255) aGGGCAGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGGCCCGGCGGCGGGTTGTTGTTAATGTTCTACAAt > 2:1662122/1‑289 (MQ=255) aGACCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCa < 2:48793/289‑1 (MQ=255) aCCGCAATCAAAATGGCCGAGCGTGGGCATCAGGTCATTTTATGCGATCTTTCTGCGCAGATGATCGACCGCGCAAAACAGGCGGCAGAAGCAAAAGGTGTGAGCGACAACATGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCCGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGGTCAGGCGGCGTGGTGTCGTTCATGTTCTACAACGCGCATg > 2:327370/1‑289 (MQ=255) 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aacaTGCAATTTATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGgcgc < 1:3048345/289‑1 (MQ=255) aacaGGCAATTTATACATTGCCCCCTTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGgcgc < 2:1327232/289‑1 (MQ=255) tttATACATTGCGCCGCTCAGGATGTTGCTTCGCATTTGGAAACGCCCGTTGATCTGATATTGTTCCATGCGGTGCTCGAGTGGGTGGCTGATCCCCGCAGCGTATTGCAGACCCTCTGGTCAGTGTTGCGTCCAGGCGGCGTGTTGTCGTTAATGTTCTACAATGCGCATGGTTTGTTGATGCATAACATGGTCGCCGGGAATTTTGATTACGTGCAGGCGGGAATGCCGAAAAAGAAAAAACGGACGCTTTCGCCAGATTATCCACGCGACCCGGCGCAGGTTTa > 1:295469/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |