Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 860,905 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 860,905 | 0 | A | T | 99.6% | 652.6 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 860,906 | 0 | G | C | 99.6% | 645.0 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (142/128); total (142/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 860,907 | 0 | T | A | 100.0% | 657.2 / NA | 271 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (142/129); total (142/129) |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
TCATTAGATGTTGAATCAATGAATTACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCAGTGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAAT > CP042583/860625‑861185 ||| ttACTCGTTCAGTTAATATTTAAATATTCATGAAATCTATAAATTAAAGATTTGTCACTTATTGGATTTAGTATGCTTGATTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTcc < 1:614022/289‑1 (MQ=255) 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aTTTAAATGGCGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAAt > 1:1291803/1‑289 (MQ=255) cGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCa > 2:1160572/1‑249 (MQ=255) cGGACAATTATTGTTATTATTAAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAAc < 1:701267/275‑1 (MQ=255) attattaAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTg > 1:3113315/1‑289 (MQ=255) attattaAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTg > 2:2151033/1‑289 (MQ=255) attattaAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTg > 1:1687015/1‑289 (MQ=255) attattaAGTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTg > 2:24090/1‑289 (MQ=255) gTCTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCAACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCa > 2:1007201/1‑289 (MQ=255) cTAATGTCATTTAAAGGCATTATCATATTTACGAAGAGATCAGGATGATAACGATGAAAAAAAGTGTATTGACGGCGTTTATAACTGTGGTATGTGCAACGTCCAGCGTTATGGCTGCTGATGATAATGCTATCACGGATGGCTCAGTAACATTTAATGGTAAAGTTATTGCTCCAGCTTGTACCCTGGTAGCTGCGACGAAAGATTCCGTGGTGACTTTGCCAGATGTTAGTGCCACGAAGTTGCAAACCAATGGTCAGGTTTCTGGCGTGCAAATTGATGTGCCaa < 1:2969932/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |