Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 861,307 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 861,307 | 0 | A | T | 100.0% | 432.8 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 861,308 | 0 | G | C | 99.4% | 425.7 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (92/86); minor base A (1/0); total (93/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 861,309 | 0 | T | A | 99.4% | 424.5 / NA | 179 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (91/86); total (93/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 179 total aligned reads displayed.
TGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCAGTTCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTAGTGGTAATGTGAATGCGGTAACAAATTTCCATATTAACTATTATTAATAGAACTCATTAATTGTTTTATTAATTAGTACCCCTCCAGTGTTCTGGAGGGGATATTCATATTTTTTAAGAGTGACTATTTATGAAAACTTGCATAACAAAGGGAATTGTGACCGTAAGTTTAACGGCAATATTACTCAGCTGCAGTTCCGCATGGGCGGCAGGTAAAGGCGGGATTGGACTTGCAGCAACACGTCTTGTTTATAGTGAAGGTGAAGAGCAAATTAGTC > CP042583/861027‑861584 ||| tGGCGTGCAAATTGATGTGCCAATTGAATTAAAAGATTGTGATACTACCGTAACAAAAAATGCAACGTTCACCTTTAATGGCACTGCGGATACTACTCAGATTACAGCGTTTGCTAACCAGGCCTCATCTGATGCTGCTACAAACGTGGCCCTGCAAATGTATATGAATGATGGTACAACGGCCATCACGCCAGACACAGAAACCGGGAACATTTTGTTGCAGGATGGAGATCAGACGTTGACTTTTAAAGTTGATTATATCGCTACGGGGAAAGCGACTTCAGGTAAt > 2:2928257/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |