Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 863,663 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 863,663 | 0 | A | T | 99.7% | 799.8 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (177/156); total (179/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 863,664 | 0 | G | C | 99.7% | 788.6 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (179/155); minor base A (0/1); total (179/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 863,665 | 0 | C | G | 99.7% | 800.7 / NA | 335 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (178/156); total (179/156) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CCGTGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTAGCTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGAGTTATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATAGCACGAGCGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGAGCCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTAGCTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTAGCCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGT > CP042583/863383‑863944 ||| tGCCGCCATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTAc > 1:1530584/1‑289 (MQ=255) ccgccATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACaa > 2:1342645/1‑289 (MQ=255) cgccATGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAAt < 2:141628/289‑1 (MQ=255) tGTTTGGTCTGGGATTTAACCTCGGCGATTTCGGAGCAATTTCGTTCGATGCGACCCAGGCGAAGAGTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGtt < 2:2917471/289‑1 (MQ=255) 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agagTACGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGttt > 2:1054534/1‑227 (MQ=255) cGCTAGCAGATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTtttattt < 2:11575/289‑1 (MQ=255) gATCAAAGCGAACATAAAGGTCAGTCATATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTg > 1:1671410/1‑234 (MQ=255) 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agtcatATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTTCGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCTAGCAAACTTACTGGCATAc > 2:2574225/6‑289 (MQ=255) gtcatATCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTGGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTCGCGTTATTACAATTTGTTTTACACCAAACGTGGCAAACTg < 1:981995/207‑1 (MQ=255) tCGTTTTCTGTATGCCAAAACGCTCAACCACTTTGGCACTAACTTTCAATTGATGGGCTATCGCTATTCGACGTCGGGTTTCTACACCCTTTCCGACACCATGTATAAACATATGGATGGCTACGAATTTAATGACGGTGATGATGAAGATACGCCGATGTGGTAGCGTTATTACAATTTGTTTTACCCCAAACGTGGCAAACTGCATGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCaa < 2:1256878/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |