| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 866,548 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 866,548 | 0 | A | T | 99.4% | 777.3 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 866,549 | 0 | G | C | 99.4% | 783.0 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (169/158); minor base A (2/0); total (171/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 866,550 | 0 | C | G | 99.4% | 787.4 / NA | 330 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (170/158); minor base T (1/1); total (171/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
GGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAAGTCCACAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGAAGCTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCAGCCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTAGTGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCGATTCTGGATGATGCGAAGATATTGATTCCGCTTAACCAGGCGAGTAAAGACTACAGCCTACATAGCGGTAAGGTGCCATTAACTTTTTATGCGCAATT > CP042583/866275‑866828 ||| aagagaaagcTCAAATATTAACTTCGTTATAAGTCCCAAAAGGCGGGAGCAACGGGCGGTAATGCGACGGCGGTTCTCTATTTTGATCTGGTTTACCAGTGAAGGAGTGATGTTGAAACGGATAATCTGGATTCTGTTCTTATTGGGATTAACGTGGGGCTGTGAGCTATTTGCCCATGATGGCACGGTCAACATTAGCGGATCGTTTCGCCGTAATACATGCGTGCTGGCACAGGATAGCAAGCAAATCAATGTGCAGTTAGGCGATGTCTCGCTGACACGTTTTtct < 1:1228749/280‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |