Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 867,389 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 867,389 | 0 | A | T | 99.6% | 605.2 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 867,390 | 0 | G | C | 100.0% | 605.0 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (123/132); total (123/132) | |||||||||||
* | CP042583 | 867,391 | 0 | C | G | 100.0% | 605.8 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (123/132); total (123/132) |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AGCACAGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCAGCGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATAGCCAGGGTGTACAACTCACTAACCCAACGCCTTATTACATTAACCTGATTCAGGTGAGTGTAAATGGTAAAGCGTTAAGTAATGTGGGAGTTGTGCCGCCTAAAAGCCAGCGTCAGACAAGCTGGTGTCAGGCAATCGCACCGTGTCATGTCGCCTGGCGGGCGATAAATGATTACGGCGGGTTGAGTGCAAAGAAGGAGCAAAATCTGCCCTGAAACAGGTTCGGAAAACGTTTGCGTTTTTTTTGCCGCAGGTCAATTCCCTTTTGGTCCGAAC > CP042583/867113‑867665 ||| tcgacaGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTAc > 1:765436/4‑289 (MQ=255) tcgacaGTGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTACTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGATGTCGCAGGGTGTAc > 2:430897/4‑289 (MQ=255) tGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTc > 1:302178/1‑287 (MQ=255) tGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTc > 1:2973154/1‑287 (MQ=255) tGCCAGCACCATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCAACCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGACCTAGGTATTTAACATGTTCTTGCCACCCGAAGGTTTTCCGTGCAACCCGCTGGAATCTTATCAACAATTACTCCTGACAAGGAATTCGCCGGGTGTACAAcagac > 2:1385079/1‑285 (MQ=255) gCCAGCACCATTCCTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCAc < 1:2085417/288‑1 (MQ=255) ccATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAGGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCaa < 2:383598/289‑1 (MQ=255) ccATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAATCCaa < 2:2384483/289‑1 (MQ=255) ccATTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCaa < 1:96147/289‑1 (MQ=255) ccATTACAGTCCGCTCCGCCACTTAGTTTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGGGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCaa < 2:765436/289‑1 (MQ=255) aTTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTTAGTTAAGCATTTCCAGCGTGCCATGCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCCCGGTATTTCAACTGTTCTGGCTACCCGGAAGTTTGCACGCCGACCCGCCGCAAGCTGATCACCAATTACGCTGGTCCTGGACACCGCAGGGGGTACAACTCACTCACCCacc > 2:329515/1‑286 (MQ=255) aTTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACa < 1:2386936/273‑1 (MQ=255) aTTACTGGCCGCTCCGCCACTTATTCTCCTGAAGCCCGGTACGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCaa > 1:1887816/1‑287 (MQ=255) 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aCGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCAACGCCTTATTACATTAACCTGATTCAGGTGAGTGTAAATGGTa < 2:2150249/289‑1 (MQ=255) aCGACAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCAACGCCTTATTACATTAACCTGATTCAGGTGAGTGTAAATGGTa < 1:1277753/289‑1 (MQ=255) cAGGCACGTTGCGCTTGCTGAGAACGGAAAGCGACATCTTGCCTGTGGATCGCGAAACGCTATTTGAGTTAAGCATTGCCAGCGTGCCATCCGGCAAAGTTGAAAATCAGAGCGTAAAAGTGGCGATGCGCTCGGTATTTAAACTGTTCTGGCGACCCGAAGGTTTGCCGGGCGACCCGCTGGAAGCTTATCAACAATTACGCTGGACACGGAATTCGCAGGGTGTACAACTCACTAACCCAACGCCTTATTACATTAACCTGATTCAGGTg < 1:1288808/272‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |