Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 868,561 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,561 | 0 | A | T | 99.7% | 886.4 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,562 | 0 | G | C | 100.0% | 885.4 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (178/190); total (178/190) | |||||||||||
* | CP042583 | 868,563 | 0 | T | A | 99.7% | 884.2 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/189); minor base C (0/1); total (178/190) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
TGATCTCTTAACCGCGATTAAAAATAAGCAAAATGATTTGCAAGCGATGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACCGAAATTATTCGCCGCTTGAGTCTGGAATTAAACGGTCGCTTACCGATCATCGGTGTTGGCGGCATCGACAGCGTTATCGCTGCGCGTGAAAAGATTGCTGCGGGTGCCAGTCTGGTGCAAATTTATTCTGGTTTTATTTTTAAAGGTCCGCCGCTGATTAAAGAAATCGTTACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGG > CP042583/868287‑868837 ||| tctcTTAACCGCGATTAAAAATAAGCAAAATGATTTGCAAGCGATGCACCATAAATATGTGCCGATCGCAGTGAAGATCGCGCCGGATCTTTCTGAAGAAGAATTGATCCAGGTTGCCGATAGTTTAGTTCGCCATAATATTGATGGCGTTATTGCAACCAATACCACACTCGATCGTTCTCTTGTTCAGGGAATGAAAAATTGCGATCAAACCGGTGGCTTAAGTGGTCGTCCGCTTCAGTTAAAAAGCACAGAAATTATTCGCCGCTTGTCACTGGAATTAAACgt > 2:1594359/1‑287 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |