Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 868,992 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,992 | 0 | A | T | 99.4% | 763.8 / ‑5.4 | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 868,993 | 0 | G | C | 99.4% | 754.0 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (177/141); minor base A (1/1); total (178/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 868,994 | 0 | T | A | 99.7% | 764.4 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/141); minor base C (0/1); total (178/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
ACCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCAGTCGTTTTGCGCGCAAGATGTTGACTCCAGATGCCTTTTCTCCCGCAGGCTTTTGCGTTGACGACGCCGCGCTCTATTTCTCTTTTGAAGAAAAGTGCCGCGATTTTAATTTATCTAAAGAACAAAAAGCCGAACTGGTGCTGAATGCACTGGTAGCAATTCGCTATCTCAAACCGCAAATGCCGAAAAGCTGGCATTTTGTTTCCCATGGTGAAATGTGGGTGCCCATGCCGGGCGATGCGGCCTGCGTTTGGTTGAGCGATACTCACGAGCAGGT > CP042583/868714‑869269 ||| aCCCATATCTAATTATTTCTTCGAATTCCTCTTTATAAGATAATCAGGGCTTTATTTTCAGCCCTGGTTGTTTTATATTCATCGCTGTTGCTTATTTAGACATTTTGTACTTTTATTGTTGAGGTTATTAAGCGAAGCGACAATGGATTGTGTTGCTGCGGTTTTATAGGGTAGGGGAGAGGCAGATGCGAATTAAACCAGACGATAACTGGCGTTGGTATTACGATGAAGAGCACGATCGAATGATGCTCGATTTAGCCAATGGTATGCTATTTCGCTCACGTTTTgc < 1:543958/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |