Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 870,953 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 870,953 | 0 | A | T | 99.5% | 866.5 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,954 | 0 | G | C | 99.5% | 853.9 / NA | 365 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (196/165); total (198/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 870,955 | 0 | C | G | 99.7% | 869.4 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (197/167); total (198/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
ATGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCAGCCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAATGACACCATCCGCAACAGTCAGTACGGCGCGATGAAAGTGAAAGACGCGATCGTCGATGCTTTCACGCGGAAAAATCTGCCGCGTCCAAATGTTGATCGCGATGCGCCGGATATCCGCGTTAACGTCTGGCTGCATAAAGAAACCGCC > CP042583/870676‑871234 ||| aTGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATg > 1:1242148/1‑289 (MQ=255) tGCTCGAAATCCTCACGTACTTGTGTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGt > 1:1039591/1‑289 (MQ=255) ccTCACGTACTTGTGTACGCTCCGTTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTTTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTggg < 1:2364266/289‑1 (MQ=255) tgtgTACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAgg > 1:2569438/1‑289 (MQ=255) tgtACGCTCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGGGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCCGGGCggtggtagggtt > 2:1948720/1‑278 (MQ=255) tCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTa < 2:691725/277‑1 (MQ=255) tCCGGTTTCTCCGCGCTGTCCATGTCCAGACTGACTGCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAg < 2:56336/287‑1 (MQ=255) 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ctgactgCAACAATTACGCCTACGGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCGGTTTGCCAGTACGGCCCGGGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCg < 1:929305/288‑1 (MQ=255) actgCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCa > 1:3175169/1‑289 (MQ=255) ctgCAACAATTACGCCTACTGCGGTAGGCTCTTAGAGTAAAAGTGACGATATGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGc > 2:1356771/1‑236 (MQ=255) 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tatGAATTCTCTGTTTGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCTGGCGATCAATTGGACAGAGATGGTTAATCCTGGCCCGGCCTTCGCTGTCCACCTcctt > 2:2023022/1‑286 (MQ=255) gAATGCTCTGTTGGCCAGTACGGCCCGTGGGCTGGAAGAGCTGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGt < 1:1106680/289‑1 (MQ=255) tcggTTGGCCGGTACGGGCCGTGGGCTGGAAGAGCGGTTAAAAACTGAACTGGAAAACCTGGGGGCCGTTGAATGCCAGGT‑GGTTCAGGGTGGGGTCCATTTCAAGGGCGACACACGGCTTGTTTACCAGAGCCTGATGTGGAGCCGCCTGGCCTCGCGTATTATGTTGCCGCTGGGCGAGTGTAAGGTTTACAGCGATTTAGACCTCTATCTCGGTGTTCAGGCGATCAACTGGACAGAGATGTTTAATCCTGGCGCGACCTTCGCTGTCCACTTCAGTGGTTTGAAt < 2:2852051/286‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |