| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 874,987 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 874,987 | 0 | A | T | 99.6% | 580.5 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (118/124); minor base G (0/1); total (118/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,988 | 0 | G | C | 100.0% | 579.5 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (118/125); total (118/125) | |||||||||||
| * | CP042583 | 874,989 | 0 | C | G | 100.0% | 579.4 / NA | 243 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/125); total (118/125) | |||||||||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
CCGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCAGCCAGTGTGACATGCTGGTGGCGTTACCGCGCCTTGAGCATGGTCAGAAAGCGGCATGTCCCCGGTGTGGCACAACGTTAACCGTGGCGTGGGATGCCCCTCGGCAGCGTCCCACCGCCTATGCGTTGGCTGCACTGTTCATGCTGTTGCTGTCCAACTTGTTTCCTTTTGTGAATATGAACGTTGCAGGAGTTACCAGTGAAATTACATTACTGGAAATTCCCGGCGTGCTTTTTTCTGAGGACTACGCCAGCCTCGGCACCTTTTTCCTGTTGTTTGT > CP042583/874708‑875267 ||| ccGCATGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGtgtg > 1:46620/1‑289 (MQ=255) aTGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACa < 1:507168/288‑1 (MQ=255) aTGAGCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACa < 1:2377100/288‑1 (MQ=255) gCAGACGCAAAAAGTGCTTGCTGATATGGCTGCTGCAGAGCAGGAGCTGGAGCAAGCCTTTGAACGCTGGGAGTATCTTGAAGCGTTAAAAAATGGTGGCTGATCGCAAAATAGTCGATTTAAACAGAGACAGCTGACAACGGTAAAATTGCCTGATGAACTGGGTTTATCAGGCATGAAAACCAACACTTTGTTAGTCATCTGTAAAATAGCGCATCATTAAGGAGTACCAATGTGCGAACATCATCATGCCGCGAAGCACATCCTGTGCTCGCAGTGTGACATGCt < 1:2055625/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |