Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 437,257 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 437,257 | 0 | A | T | 100.0% | 748.8 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 437,258 | 0 | G | C | 100.0% | 746.8 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (162/153); total (162/153) | |||||||||||
* | CP042583 | 437,259 | 0 | C | G | 99.4% | 742.5 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (160/152); minor base T (1/1); total (162/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ATCCGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGCCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTT > CP042583/436979‑437538 ||| cGTACCGTTAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCAtttt < 2:251114/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |