Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 879,552 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 879,552 | 0 | G | C | 100.0% | 838.1 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 879,553 | 0 | C | G | 100.0% | 839.8 / NA | 350 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (179/171); total (179/171) | |||||||||||
* | CP042583 | 879,554 | 0 | T | A | 99.7% | 837.9 / NA | 349 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (178/170); total (179/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
TACCACCCGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGGCTTGCTTGCGCGATACGTTCCTGGATGGTTTGCATCAGCGTCGTTTGGCCTTCGCCATCCCACACCAGATTTAATAATAACGGCAGTGCGTCAGTCACATCGTCTACTGCCCAGATGGTGAATTTGCCTTCTTCTACCGCTTTCACCAGTTCACTGTGAAGACTTAAATGGCGAACGTTAGCTGTGGGGATAATGACACCTTGTTTCCCGGTTAACTCACGTTGCTGGCAAATAGCAAAGAAGCCTTCGATTTTCTCATTTAAACCACCGACCGGCTGGG > CP042583/879273‑879832 ||| acccccCGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTgcg < 2:864306/289‑1 (MQ=255) caccCGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGcgcg > 1:1005425/1‑289 (MQ=255) ccGTTTCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATa < 2:1936354/289‑1 (MQ=255) tttCGGTCATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGCAAACGGTGACGTCCTTCCTTTTGCGATGCTTGCGCGATACGt > 1:1646617/1‑289 (MQ=255) cATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGa < 1:2364851/289‑1 (MQ=255) cATTTTGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTGTTGCGATGCTTGCGCGATACGTTCCTGGa < 2:1076397/289‑1 (MQ=255) tttGACCACACGGTCCATCATCAGCATGTTCGGTGCTGGCAATTGCGGGCCTTTAGCGCCAAACAGTTCACCGCGACCAGAGGCAAGAAGGTCTTCTTTTGTATAGGATTCGCGTTTATCTACCATGTTCTCTGTAAGCCTTATTTTATTGAAGCACGCAGGATAGCTAACACGTGTACGCTGAACAAGTCCGATCAGTTCGGAATAAACCAGTTCAGCCAACGTAATGGCCATGGAAAACGGTGACGTCCTTCCTTGTGCGATTCTTGCGCCGAACGTTCCTGGATgg > 2:1764393/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |