| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 477,714 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 477,715 | 0 | G | C | 99.7% | 686.6 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/150); minor base T (1/0); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 477,716 | 0 | C | G | 99.0% | 679.1 / NA | 292 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (138/151); total (141/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TGCGCGAAACCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCAGCCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGCCGCGACCCGCACGCTGCAGCTGCGTCTGGAAGTCGACAACGCCGACGAGGCGCTAAAACCGGGCATGAACGCCTGGTTGCAACTCAACACCGCCAGCGAACCGATGCTGCTCATTCCGAGTCAAGCGCTGATTGATACCGGCAGCGAACAGCGGGTGATTACCGTTGATGCCGACGGGCGCTTTGTACCGAAAC > CP042583/477433‑477990 ||| tgcGCGAAACCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCAGTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGCTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAACGAAAATTCAGGGGATGGACCCGGGGTGGGTCACGGCTGCGATCCCGGAGACAAACGCCGGGCTTGTGAAAGATGCCCTCCAGtt > 2:1092273/1‑289 (MQ=255) cgcgAAACCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGttt > 2:393904/1‑288 (MQ=255) aCCGGCGGTACGGCGACCCAGACTGAAGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCa < 1:2820510/289‑1 (MQ=255) aCCGGCGGCACGGCGACCCAGCCGGAAGGAATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCTGATATCCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGT‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCa < 2:2079824/289‑1 (MQ=255) 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cTGCAGGCAGGCTTGGGCGGCTGCGACGTGCTGGAATGCCGGAGGCGGATGTTCGCCGCCTTGTCGCCACGGAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGTAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATa < 2:694687/288‑1 (MQ=255) aaGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACTCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAac > 1:1715652/1‑289 (MQ=255) aGGCATTCTTGAGCGGCTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGAGATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATGGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAaca < 1:2879598/289‑1 (MQ=255) 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cTGCGACTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCa < 1:548269/247‑1 (MQ=255) gACTGGCGGGAATGCCGGCGGGGGATATTCGCCCCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGa < 2:466174/288‑1 (MQ=255) cTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACg < 1:393904/288‑1 (MQ=255) cTGGCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACg < 2:651378/288‑1 (MQ=255) gCGGGAATGCCGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGCCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACgctg < 2:41536/288‑1 (MQ=255) cGGAGGCGGATATTCGCCGCCTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGCCCGGAACAAACACCCACCCTCCGCAAATGGACCCTCCGACCCgg > 2:2299607/1‑286 (MQ=255) 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cgccTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCGTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGCCGCGACCCGCa < 2:1907140/289‑1 (MQ=255) ccTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACTCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTCCCTGGCGTGGATGCCCCCACCCGCAc > 2:2352408/1‑288 (MQ=255) cTGATCGCCACGCAAAAAATCCAGACTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATaa > 2:2770782/1‑230 (MQ=255) 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aaaaTCCAGACTCGCTTTACGCTCGAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTACGATCCCGGAGACTATCACCTGGCTGGTGAAAGATGCATCGCAGTGTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGATAAAACACCCACCATCCGCAAATGGACGCTGCTACCTGGCGTGGATGCCGCGACCCGCACGCTGCAGCTGCGGCTgg > 1:1932788/1‑289 (MQ=255) aCTCGCTTTACGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCACCGTTCCGGCGCGACCGGACAAAACACTCTACATCCGCAAATGGCCGCTGCGACATGGCTGGTATTCCGCGCCCCTCCCGCTGCAGCTGCGTCATGTAGTCgcta > 2:1568376/1‑286 (MQ=255) cGCTCAAAGCGCCCATTGATGGCGTGATCACCGCGTTTGATCTGCGCGCGGG‑AATGAATATCGCCAAAGATAACGTGGTAGCGAAAATTCAGGGTATGGACCCGGTGTGGGTCACTGCTGCGATCCCGGAGTCTATCGCCTGGCTGGTGAAAGATGCCTCGCAGTTTACCCTCa > 1:259943/1‑174 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |