Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 884,160 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 884,160 | 0 | A | T | 99.6% | 614.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 884,161 | 0 | G | C | 99.6% | 618.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/125); minor base A (1/0); total (132/125) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 884,162 | 0 | T | A | 100.0% | 619.1 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (132/125); total (132/125) |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TGTGAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAAAGTCAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGAAGTTTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAAAGTGCACAGTACTGTGTAAAACATCCGCCTGTCTGGCTGACATATAAAAAGTGTGGCCGATCCGTTACCCTCAATTACTATCGGGTTGATGAAAGTCTATGGCGAAATCAACTGAAGCTGGTGCGTCTGAGCAAATATTCTCTCGATGCAGCGCTGAAAGAGAAAAGCACGCGCAATACCCGGGAAA > CP042583/883882‑884436 ||| tgtgAGTTACTGTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTgg < 1:1882758/289‑1 (MQ=255) gTATGGATGTACAGTACATCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCACCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGcc < 1:1446046/289‑1 (MQ=255) cagtacaTCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTgac > 2:1829606/1‑289 (MQ=255) gtacaTCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTgacg > 1:553445/1‑288 (MQ=255) caTCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac > 1:2431614/1‑289 (MQ=255) caTCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac > 1:2898269/1‑289 (MQ=255) caTCCAGTGACAACAAAGATCAACCCTATTTTCGGAAAGAGCCTCGCAAATTTTGTCGTTGGTGACGGGAAAACATAAATTAATCTTGCCCCTTAAGAATAAGTTGCCTATTTTCGTAGTTAACGGATCCGTTAATGTGAATCATTCTTTTATGTTATGATTTTAAAAGGAATTTTATGAAAAGCCTCTCCTATAAGCGGATCTATAAATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac < 1:594960/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |