Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 893,295 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 893,295 | 0 | A | T | 99.0% | 675.3 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 893,296 | 0 | G | C | 99.7% | 676.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (163/122); minor base T (1/0); total (165/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 893,297 | 0 | C | G | 99.7% | 681.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (163/122); total (165/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TCCATTAAGGATAAGGAGAGCAGCAATGAGCAAAGTCTGCATAATTGCCTGGGTTTACGGGCGAGTTCAGGGCGTAGGATTTCGCTACACCACACAGTACGAAGCGAAAAGACTGGGTTTAACCGGGTACGCCAAAAATCTTGACGATGGCAGCGTGGAAGTGGTTGCTTGCGGTGAAGAAGGGCAGGTGGAAAAATTAATGCAGTGGTTAAAGAGTGGCGGCCCGCGTTCTGCGCGTGTAGAACGGGTGCTCAGCGAGCCGCATCATCCCAGCGGGGAATTAACCGATTTTCGTATCCGTTAAATACATTTTACCGGTTTTGGCAGGCCAGCAATTTTGGTGGCTTGCTTAGCCGGACCTTTCGGAAACAG‑TCGGTATAAATAGCGGCTGTTACCTTTTTCTTCGCCAAATTTATTCGCCATCGCTTTTACCAGCATACGAATCGCCGGAGAAGTATTGAATTCCAGATAGAAATCACGCACAAAACGCACCACTTCCCAGTGTTCCGGACTCAGGCTAATCCCTTCGTTCTCTGCAATCACCACAGCCAG > CP042583/893024‑893575 ||| aggaGAGCAGCAATGTCGAAAGTCTGTATAATTGCCTGGGTTTACGGGCGAGTTCAGGGCGTAGGATTTCGCTACACCACACAGTACGAAGCGAAAAGACTGGGTTTAACCGGGTACGCCAAAAATCTTGACGATGGCAGCGTGGAAGTGTTTGCTTGCGGTGAAGAAGGGCAGGTGGAAAAATTAATGCAGTGGTTAAAGATTGGCGGCACGCGTTCTGCGCGTGTAGAAGGGGTGCTCAGCGAGCGGCATCATCCTTCGGTGGAACTAACCGCTTTTctgctccggt > 2:3145776/1‑280 (MQ=255) 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