| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 894,380 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 894,380 | 0 | A | T | 99.7% | 793.1 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 894,381 | 0 | C | G | 99.7% | 798.0 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (160/170); minor base T (1/0); total (161/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 894,382 | 0 | T | A | 100.0% | 802.7 / NA | 331 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (161/170); total (161/170) | |||||||||||
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
TTCCGGCAGACAGATAGGTGTTCAGAATAGGTCCGAGGATATAACCCAGAAAACCGGTAAAGGCGAATGCGGAGATAATCCCGGTCGGCTTATTCGCCGTTTTATAGGTCAGGAACATCAAACCATACATACCCACCAGCGTCAGAATCAGACCCGGAGATGGCAGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCGCTAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGACTTGTACGGTCATGACTAGAACTAACAATACGATCCATTGAGTCACTCTCTATGACAGATGTAATTAATTAAGCAGCATAATGATAATGCGTAAGGGCACCCAGAAGTTTTACCCATCTTTACGCATTTGATCTGGAACAGGTTTAACAGCGGATTATCAGGTCATTAAGCAAATATAACGCCCTGAGAATTTCGACAGGCAAAAGAAAAAGGGGTTAGCATTTAGCTAACCCCTTATCTTATTTGGCGGAAGCGCAGAGATTCGAACTCTGGAACCCTTTCGGGTCGCCGGT > CP042583/894100‑894658 ||| ttCCGGCAGACAGATAGGTGTTCAGAATAGGTCCGAGGATATAACCCAGAAAACCGGTAAAGGCGAATGCGGAGATAATCCCGGTCGGCTTATTCGCCGTTTTATAGGTCAGGAACATCAAACCATACATACCCACCAGCGTCAGAATCAGACCCGGAGATGGCAGCATCAGCACCGTACTGGCAGTTGCGGTAATCGCCGAAAAGGCCAGCGTCAGGCTCAGCAGAAAATAGGTATTACGCAGCACCTTATGGGTGCTAAGCAGTGATGTACGGTCATGTGAAGAACt < 1:1555345/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |