| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 896,042 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 896,042 | 0 | A | T | 99.6% | 604.2 / ‑6.0 | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (136/118); minor base C (1/0); total (137/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 896,043 | 0 | G | C | 99.6% | 600.2 / NA | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (135/118); total (137/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 896,044 | 0 | C | G | 99.6% | 604.1 / ‑5.5 | 255 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (136/118); minor base . (1/0); total (137/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
TTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAACGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCG‑GTAGCTTCTACAGCCGCGTGGTCGATATTCCGCAAATGGGTACTCATTCCACCGCCGATACCGTCGGTTTAACCGCGCTTGGCGTGGTGGCAGCGGCTGTTGGTGTGCACGCAGTCGCCAGCGCCGTTGACCAGCGCAGACGTCATAACCAGCAACCTACAGAAACCGAACATCAGCCAGGCAATGAGGATAAACAGGCATGAGCACTCAGTACGAAACTCAGGGATACACCATCAATAATGCCGGACGCCGCCTGGTGGTCGACCCGATTACGCGCATCG > CP042583/895763‑896320 ||| ttGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGTTCGTCCAGAGTTGGGATGATGACGCTGCCCGCAAAGGTTACTGCCTGTACAAAATGGGCTGCAAAGGGCCTACCACCTATAGCGCCTGTTCCTCCACACGCTGGAATGATGGCGTTTCTTTCCCAATCCAGTCTGGTCACGGCTGCCTGGGCTGTGCGGAAAATGGTTTCTGGGATCGCG‑GTTCGTTCTACa > 1:216029/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |