| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 898,579 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 898,579 | 0 | A | T | 99.7% | 923.8 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (188/195); minor base C (1/0); total (189/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 898,580 | 0 | G | C | 99.7% | 916.0 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (189/195); minor base A (0/1); total (189/196) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 898,581 | 0 | T | A | 100.0% | 931.6 / NA | 385 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (189/196); total (189/196) | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
GGCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGAGCGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACAGTATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGGCGCTGCGTGAAGACATCATGTCCGACGACACGGTGATCTCCACCATGGTCAACGGCTACCGTAGCCACAAATTTGGCAAAATAAGTAACAAGGAGCGTAGTTGAGCTAAATAAGTAACAAGGAGCGTTCATGAGCGAGCAACGCGTGGTGGTCATGGGGCTGGGCAACCTGCTGTGGGCCGATGAAGGCTTCGGCGTGCGGG > CP042583/898300‑898856 ||| ggCAATCGATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACa > 1:2531616/1‑289 (MQ=255) atcgttctccccGCGTGCTGTTTTTCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGTGGGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGTTATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATTGACATTca < 2:1943368/280‑1 (MQ=255) gATACTCCCGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAg < 1:1457626/289‑1 (MQ=255) cccGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCa < 2:261618/289‑1 (MQ=255) ccGCGAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCAt < 1:1337602/289‑1 (MQ=255) gcgAGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCCAGTCAATGGACATTCACCGCTGGCATCg > 2:2681350/1‑289 (MQ=255) aGCTGTTTATCGTGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGCGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTTGCAACTCAATGGAAATTCACCGCGGGCATCg > 2:1513451/1‑286 (MQ=255) tGCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGAtgtg > 1:625121/1‑286 (MQ=255) gCCGGTATGGCGTAAAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTg > 2:2540618/1‑289 (MQ=255) aTGGCGGAGAAGCTGGTGGCAGGGCGTGTGGTATGAAAGCCGCTTGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTgg < 2:789444/288‑1 (MQ=255) ggtgtCAGGGCGTGTAGTATGAAATCCGCCGGTATCTGTGTCGGGTAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGATCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATTCTCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGTGTGGAAACTCACTGGACATTCACAGCTGTCTTAGGCTGGGGCTGGGGCTGATATGCGCGGTTGTGATCgg > 2:2513063/1‑289 (MQ=255) tggCAGGGGTTGGGGTATGAAATCCGCAGGTATCTGTTTCAGGCGAAGCGTACGGGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGt < 2:864317/288‑1 (MQ=255) gTATGAAATCCGCTGGTATCTGTTTCTGGCAAAACGTCCGAGTGCCGATATAGGCCATAATCCCATCGCCCAGGCGGCGATGTTCGGCTATTTCCTGATGTCGGTCTTTATGATCATCACTGGTTTTGCGCTGTACAGCGAACACAGCCAGTACGCTATTTTTGCGCCGTTCCGTTATGTGGTGGAATTTTTCTACTGGACGGGTGGCAACTCAATGGACATTCACAGCTGGCATCGGCTGGGGATGTGGCTGATTGGCGCGTTTGTGATCGGTCATGTCTACATGgc < 1:283635/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |