| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 901,026 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 901,026 | 0 | A | T | 99.7% | 812.2 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (172/167); minor base C (0/1); total (172/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,027 | 0 | G | C | 100.0% | 811.0 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (172/168); total (172/168) | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,028 | 0 | T | A | 99.4% | 805.9 / NA | 340 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (172/166); total (172/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCGGGTTATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTAAGCCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGAGTTTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCACCGCTGGCGATGGAAGCATTAATGGCCTTCTTCCTCGAATCCACCTTTGTCGGGCTGTTCTTCTTCGGCTGGCAACGGCTGAATAAATACCAGCACCTGCTGGTGACGTGGCTGGTGGCGTTCGGTAGTAATCTCTCTGCGTTGTGGATATTGAATGCCAACGGTTGGATGCAATACCCGACCGGTGCGCATTTTGATATCGACACCCTGCGTATGGAGATGACCAGCTTCAGCGAGCTGG > CP042583/900746‑901305 ||| gTTATTTTTCTCTCTTCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTcc < 1:1158134/288‑1 (MQ=255) ttCGCCTACAGGAGTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGat > 2:2291328/1‑289 (MQ=255) gTGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCa > 2:460650/1‑288 (MQ=255) tGCGCATGTGGGATGTCATTGATTTATCGCGCTGGCAGTTTGCTCTGACCGCGCTGTATCACTTTTTATTTGTACCCCTTACCCTGGGGCTGATTTTTTTGCTGGCTATTATGGAAACCATTTACGTGGTCACCGGCAAAACAATCTACCGCGATATGACGCGCTTCTGGGGTAAGCTCTTCGGTATCAATTTTGCTCTTGGCGTGGCTACCGGCCTGACCATGGAGTTTCAGTTTGGTACTAACTGGTCATTCTATTCCAACTATGTGGGCGATATTTTTGGCGCAc > 2:424977/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |