| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 901,776 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 901,776 | 0 | A | T | 99.8% | 975.3 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (209/198); total (209/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,777 | 0 | G | C | 100.0% | 978.9 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (209/200); total (209/200) | |||||||||||
| * | CP042583 | 901,778 | 0 | C | G | 99.5% | 967.4 / NA | 409 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (206/200); total (209/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
AGACAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGC‑ACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACAGTTTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATAAGCCAAGGCAATCGTGAGCCGCATGTGTTGCAGGCAT‑TCCGGGGACTGGAAGGTGACCTGGGCTACGGCATGTTGCTCTCCCGCTATGCGCCGGATATGAATCATGTCACAGCCGCACAGTACCAGGCGGCGATGCGTGGCGCGATACCTCAGGTTGCGCCGGTATTCTGGAGTTTCCGCATCATGGTGGGCTGTGGTTCCCTGCTGCTACTGGTGATGCTGATTGCGCTTGTCCAGACGCTGCGTGGCAAAATCGACCAGCATCGCTGGGTGCTGAAAATG > CP042583/901496‑902057 ||| agaCAGTTCTGCGTATGAAGTCGCGCAAGTACAACCGGTAAAACTGGCGGCGATGGAAGGGGAGTGGCAAACGGAACCTGCACCTGC‑ACCGTTCCATGTGGTTGCCTGGCCGGAACAGGATCAAGAGCGTAACGCCTTTGCCCTCAAAATTCCCGCGCTGCTAGGGATCCTCGCCACTCACTCATTAGATAAACCCGTGCCGGGTCTGAAGAATTTGATGGCTGAAACCTACCCACGCTTGCAACGCGGACGTATGGCCTGGCTGTTAATGCAGGAAATATCGCAAGGc > 1:1146618/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |