| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 902,624 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 902,625 | 0 | G | C | 99.1% | 772.2 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (159/163); minor base T (2/1); total (162/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 902,626 | 0 | T | A | 98.8% | 762.7 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (157/163); minor base C (4/0); total (162/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
AACATTGCGCTTCATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCAGTCTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGATTATCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACA > CP042583/902353‑902904 ||| caCATTGCGCTTCATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGACGCTGGTGGTCTTTGTGATATCCTACGGATTTGACATGGGGATCGGCGGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACCGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTccgcccg < 2:1813953/288‑1 (MQ=255) ttGCGCTTCATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTg > 1:352124/1‑288 (MQ=255) cATCTGGTGGCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATGATCCTGGTGCTGTGCTCACTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGAt > 2:1904357/1‑289 (MQ=255) ggtggCTGCTGATTGGCGTGATCCTGGTGGTCTTTATGATCTCCGACGGATTTGACATGGGGATCGGCTGTCTGCTGCCGCTGGTGGCGCGTAATGATGATGAACGCCGGATAGTGATAAACAGCGTTGGTGCACACTGGGAAGGCAACCAGGTCTGGTTGATCCTCGCTGGTGGGGCATTATTTGCCGCCTGGCCCAGAGTGTATGCAGCGGCGTTTTCCGGCTTTTATGTGGCGATTATCCTGGTGCTGTGATCCCTGTTCTTCCGCCCGCTGGCCTTTGttttcc > 2:1973000/1‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |