| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 902,936 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 902,936 | 0 | A | T | 100.0% | 705.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (136/155); total (136/155) | |||||||||||
| * | CP042583 | 902,937 | 0 | G | C | 99.7% | 695.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (135/155); total (136/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 902,938 | 0 | T | A | 99.7% | 699.5 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (136/154); minor base C (0/1); total (136/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTAGTCAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATG > CP042583/902656‑903217 ||| cgcgGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTg > 1:1125510/1‑288 (MQ=255) aactCGCCGATGGACGCTGGCGTAAAATGTGGGACTCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCaa < 2:2458361/286‑1 (MQ=255) aaaTGGCCGTGGGACGTTGGGGTAAAATGGGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCCGTCTGGTGCCGGCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCaa < 2:1450839/289‑1 (MQ=255) gCCGATGCACGGTGGCGTACAATGTGGGACGGCCGTCTGGTCCTCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCGTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAAcgcg < 2:847043/289‑1 (MQ=255) 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cATCGGCTGTCTGGTGCCGCCGGTAGGCTTCGGTATCGCCTTCGGCAGCTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCGACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTa < 2:352124/288‑1 (MQ=255) cATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTa < 1:2905016/288‑1 (MQ=255) cGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTTCACAGCTgg < 2:1156056/233‑1 (MQ=255) 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TCGCGGAAAAATCGCCGATGCACGCTGGCGTAAAATGTGGGACGCCGGTCTGGTCATCGGCAGTCTGGTGCCGCCGGTAGTCTTCGGTATCGCCTTCGGCAACTTGTTGCTCGGCGTGCCGTTTGCCTTCACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTGATTCATCTGCGTAGTCAGCTGGCGACCAAACGCGCTGCACTGTTGGTGATGCTGTGCTTTTTGCTGGCGGGTTACTGGCTGTGGGTCGGTATTGATGGCTTTGTACTGCTCGCCCAGGATGCTAACGGTCCTTCCAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGAGCCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTATCGTGGTCGCCCGGGTTGGGGATTTTTGATG > CP042583/902656‑903217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |