Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 906,389 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 906,389 | 0 | A | T | 99.5% | 998.3 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 906,390 | 0 | G | C | 99.8% | 991.8 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (192/221); total (194/221) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 906,391 | 0 | T | A | 99.8% | 1002.0 / NA | 415 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (192/221); total (194/221) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 415 total aligned reads displayed.
TCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTAGTCAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTGGAGCCTTTTTTATATCTGCCTTATTTTTCTTCAACGCTGTATGTATAGTAAGCGATAACCTGTTGATTATTGAATCTTTCGGGGAGATGGCTTATAACATTTCTTACCTGACCAGGGTACCGGGAACCAACACCTTACTGGCGTGTTGCTGTCTTTTAAGACCAGAAGAGGTTAACAGTGAATATTGAAGAGTTAAAAAAACAAGCCGAAACGGAAATCGCCGACTTTATCGCGCAAAAAATCGCCGAGCTGA > CP042583/906112‑906669 ||| tCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCCCGCTGCAAATACGCACTGCCCCTACGCTGCTGGAGTTCACAAaataat > 2:500932/1‑289 (MQ=255) cGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAgg < 1:1761747/289‑1 (MQ=255) ttCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTGGAGCCTTTTTTATATCTg < 2:1450185/289‑1 (MQ=255) cAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTgg < 2:917686/262‑1 (MQ=255) 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attattACTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAgg > 1:1437186/1‑199 (MQ=255) cTCAACATCTCCATTTCCGCTGTCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGCACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTGGAGCCTTTTTTATATCTGCCTTATTTTTCTTCAACGCTGTATGTATAGTAAGCGATAACCTGTTGATTATTGAATCTTTCGGGgaga < 1:50350/289‑1 (MQ=255) cTCAACATCACCATTTCCCCTGGCCATGTTGTCATGGTTCACAGTACCGAACATCGGCATTCGATGTGACGGAGCGAAACCCTTTGGGCGCTAAGTGTATTTTTTGTAAATCGACGATGATCACCTTTGATAACGTCGCGCTGCAAATACGCACTGACCATGCGCCGCTGGATTTCACAAAATAATATCAGGCTCCCTCGTGGAGCCTTTTTTATATCTGCCTTATTTTTCTTCAACGCTGTATGTATAGTAAGCGATAACCTGTTGATTATTGAATCTTTCGGGgaga < 2:163628/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |