| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 479,249 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 479,249 | 0 | A | T | 99.1% | 741.4 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (146/166); minor base C (3/0); total (149/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 479,250 | 0 | G | C | 99.7% | 742.7 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (149/167); total (149/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 479,251 | 0 | C | G | 99.7% | 761.0 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (148/168); minor base T (1/0); total (149/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
CCCGGAGATGCGCCGGGGCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCAGCGCGCTGGTGGCGATTATTAGCTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGAATGCCAATATTATGAGCTTGGGTGGCATTGCGATTGCCGTCGGGGCGATGGTCGATGCTGCTATCGTCATGATCGAGAATGCGCATAAACGGCTGGAAGAGTGGCAGCACCAGCATCCTGACGCCACGCTGGATAATAAAACGCGCTGGCAGGTGATCACCGATGCGTCTGTTGAAGTGGGGCCGGCGCTATTTATCAGTCT > CP042583/478969‑479526 ||| gggCATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCCCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTGATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGattatttcg > 2:1073531/1‑286 (MQ=255) cATTGCCGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGattatttcgtt < 1:2826927/288‑6 (MQ=255) ccgaCTAAACGGGGAAGGCGAAGGGGGGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 2:2080614/286‑1 (MQ=255) cGAACTAAACGGCGAAGGCGAAGTGGCGGGCGGGGTGGTGATCCTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTg < 1:1498329/289‑1 (MQ=255) 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cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGtt > 2:320504/1‑251 (MQ=255) cTGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACGCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGTTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTc > 1:546647/1‑270 (MQ=255) tGCGATCCGGCAAAAACGCCCGAGAAGTGATCGCCGCCGTGAAGGACAAACTGGAAACCCTGAAAAGTAGTCTGCCGGAAGGCGTGGAGATAGTTACAACATACGATCGCAGCCAGCTCATTGACCGCGCCATCGACAACCTCAGC‑GGCAAGTTGCTGGAAGAGTTTATTGTGGTGGCGGTAGTCTGTGCGCTGGTTCTCTGGCATGTGCGCTCGGCGCTGGTGGCGATTATTTCGTTGCCGCTGGGGTTGTGTATTGCTTTTATTGTCATGCACTTCCAGGGACTGaa > 2:724486/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |