Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 910,839 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 910,839 | 0 | A | T | 100.0% | 1074.6 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 910,840 | 0 | G | C | 100.0% | 1061.5 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (221/222); total (221/222) | |||||||||||
* | CP042583 | 910,841 | 0 | C | G | 99.8% | 1059.8 / NA | 443 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (220/222); total (221/222) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 443 total aligned reads displayed.
GGTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTAGCGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATAGTTATTGGTTAAGCTTGAACTATGGTATGCAGGAGGCTGCTCGCCGCTACGGTGTGGATTTAAAAGTGCTGGAGGCAGGCGGCTACAGCCAGTTGGCTACCCAGCAAGCACAAATCGACCAGTGTAAACAGTGGGGCGCAGAGGCCATTTTGCTCGGTAGT > CP042583/910562‑911117 ||| ggTAGGAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCCTCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCCAGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTTCCGGCATTTTCCGCTGAtta > 2:2895175/1‑286 (MQ=255) gAATCAATGCCTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGtt > 1:109093/1‑289 (MQ=255) ccTGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCa > 1:418140/1‑289 (MQ=255) tGAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCatg > 2:3170761/1‑289 (MQ=255) gAGTGTTGTCTTTTTCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTgcg < 2:911077/280‑1 (MQ=255) tCCACCTGGCTGATAAAGCGCAGGTTGTACCATCCCACCAGGGTACTGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCa < 1:2362941/289‑1 (MQ=255) tgctgggaaaGCGAAGGTTGGACCATCCACCCAGGGTACTTGTCAGGGTTAGCAGCGCGAGAAAGGCAAAGCCAATCCAGAGTCTTTGGGTGAGGGTTAGATTCACGGACGTTGCACTTTAGGTGAGAAAGGTTGAGTCGCGAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATGATTGATGAGGGTATCAGGCGCTTACTGATATTTATACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGTTAACCTGTTGCGGTGGCATGGTGCGCAGCAGTACACGGTGCa < 2:2730673/282‑1 (MQ=255) 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tGGTCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAACATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGaa > 1:669097/1‑286 (MQ=255) tCAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACtgt < 2:1187197/288‑1 (MQ=255) cAGGGTTAACAGCGCCATCAGGGCAAAGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTTAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGAGCGTACTGCTA‑TTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTgcg < 1:1881691/289‑1 (MQ=255) 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aaaGCCCATCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGAt < 1:3101198/289‑1 (MQ=255) aTCCAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAAcg > 2:487760/1‑242 (MQ=255) cAGAGTCTTCGGGTCAGGGTTAAATTCACGGTCGGTGCACTTTAGGTGAAAAAGGTTGAGTCGCAAAGCGGAATGCATCTAGCATAAAGCCTTATTATTGATGAGGCTATCATGCGCGTACTGCTATTTTTACTTCTTTCCCTTTTCATGTTGCCGGCATTTTCGGCTGATAACCTGTTGCGCTGGCATGATGCGCAGCATTTCACGGTGCAAGCCTCTACGCCGCTTAAAGCCAAACGCGCATGGAAACTGTGCGCGCTTTATCCCAGCCTGAAAGATTCATATTGGt < 1:2900711/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |