Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 481,244 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 481,244 | 0 | A | T | 99.7% | 732.1 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 481,245 | 0 | G | C | 99.7% | 721.6 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (144/162); minor base T (1/0); total (145/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 481,246 | 0 | C | G | 99.4% | 727.4 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (144/162); total (145/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GCCGGGGTCGCCGCCGAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGAGCTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTAGTGAGGTGATGAGCCGGATTGCCGCGCCGATGATTGGCGGCATGATCACCGCACCTTTGCTGAGCCTGTTTATTATCCCGGCGGCGTATAAGCTGATGTGGCTGCACCGACATCGGGTACGGAAATAAAAGCAGGATACCCCGTTTAACCGTGTGGA‑TTGTGTCTTGCGACGATGGGCACTAAATGTTAAAAGGTGCCCCTCAACAAAAAAGACACACAGGGGAAAGGCGTGAAAAACGCGAGTACCGTAAGCGAAGATACTGCGAGCAATCAAGAGCCGACGCTTCATCGCGGATTACATAACCGTCATATTCAACTGATTGCGTTGGGTGGCGCAATTGGT > CP042583/480965‑481524 ||| ccgccgAATTTGGCGTGGTGATGCTGATGTATTTACGTCACGCCATAGAGGCCGTGCCGTCGTTGAATAATCCACAAACATTCAGCGAGCAGAAGCTGGATGAGGCGTTATATCACGGCGCGGTCCTGCGCGTGCGCCCGAAAGCGATGACGGTGGCGGTGATTATCGCCGGTCTGCTGCCGATTCTGTGGGGAACGGGGGCTGGTTCAGAGGTGATGAGCCGGATTGGCGCGCCGATGATTGGCGGCATGGTCACCGCACCTTTGCTGTCGCTGTTTTGTATCCcggt > 2:201500/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |