Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 934,882 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 934,882 | 0 | A | T | 99.8% | 960.5 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (194/208); total (195/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 934,883 | 0 | G | C | 99.8% | 957.7 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (194/209); minor base T (1/0); total (195/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 934,884 | 0 | C | G | 99.8% | 964.1 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (194/210); total (195/210) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
AGTCTGATGGGTTGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCA > CP042583/934606‑935161 ||| ttacTGAGGGGTGGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTgg < 2:2368445/286‑1 (MQ=255) acTGATGGGTTGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTggc < 1:2148682/287‑1 (MQ=255) acTGATGGGTTGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTggc > 2:2148682/2‑288 (MQ=255) gggTTGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTa > 1:2485081/1‑289 (MQ=255) gggTTGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTa > 1:2820885/1‑289 (MQ=255) ttGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATg > 1:191062/1‑289 (MQ=255) tGGGGGCTGGGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTggc > 1:400083/1‑278 (MQ=255) 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tCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTcc > 1:2425700/1‑289 (MQ=255) tGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTACTTTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCGGGTGTTCCCCAg > 2:2067105/1‑289 (MQ=255) tttATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTgg > 1:484653/1‑235 (MQ=255) 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aGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGtt > 2:541235/1‑287 (MQ=255) cATTATCCATGCAAGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCATCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTAGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCAGGCGTTGGCTGGAGCGGTAAATAAGAACGCCGAGCGTGTGTTTAGCGAACTGGAGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTACTGTCAACCTGAAGTTGCCAGCTGCCGGTGTTCTACCGTGCGATTACCGAAGATTTGTACTAATCGTTTCt > 2:725094/1‑288 (MQ=255) aTTGTCCATGCGCGTCGTATTATTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCGTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCAGCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGc < 1:1966153/289‑1 (MQ=255) 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tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTCTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTACCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCACTTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTTCCAGCTTCTGGTGTTCTCCAGTCCTATTACCCATGATTGGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 2:3082382/1‑288 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATAATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGCTTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 2:649841/1‑288 (MQ=255) tttgacttggtggttCCTCGGCCGGGAGGGGGGGGTGGC‑GTTGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAagag < 1:2215894/274‑1 (MQ=255) aTGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAagag < 1:1206768/288‑1 (MQ=255) aTGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGACGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAagag < 1:2234341/288‑1 (MQ=255) tGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCGTGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCGGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGGAGACATGCCCGCCAGACagc > 2:1509611/1‑285 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |