Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 934,906 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 934,906 | 0 | A | T | 99.5% | 899.3 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 934,907 | 0 | G | C | 99.2% | 891.5 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (176/195); minor base A (2/1); total (179/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 934,908 | 0 | T | A | 99.7% | 895.5 / NA | 375 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (178/196); minor base C (1/0); total (179/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 375 total aligned reads displayed.
GGTTACTTCGGGCAGCCGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGAGCGCAATTCTGGCGGCGGTAATGAGTACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTGGTGTGGGTAGGGCGTGTGATGGTGCTGGTGGTGGCGCTGGTGGCGATTGCGCTGGCGGCAAACCCGGAAAACCGCGTGCTGGGCTTAGTGAGCTACGCGTGGGCAGGCTTTGGCGCGGCGTTTGGTCCAGTGGTGCTGTTCAGCGTGATGTGGAGTCGCATGACGCGTAACGGTGCGCTGGCGGGG > CP042583/934627‑935187 ||| ttCGGCCAGCCGCGCATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCCCCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGcc < 2:3080394/289‑1 (MQ=255) ccGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc > 2:3097298/1‑286 (MQ=255) ccGCACATTCTGGCGCGTTTTATGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc < 1:3097298/286‑1 (MQ=255) cGCACATTCTGCGGCGTTTTCTGGCGGCGGATTCTCACCACAGCATTGTCCATGCGCGTCGTATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGgt < 2:1149030/289‑1 (MQ=255) 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tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 2:1462821/1‑288 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTGTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAgctgc > 1:2715757/1‑227 (MQ=255) tcgtATTAGTATGACCTGGATAATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGCTTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATgccag > 2:649841/1‑288 (MQ=255) 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aCCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGa < 2:1190247/280‑1 (MQ=255) aCCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTgg > 1:2327360/1‑289 (MQ=255) aCCTGGATGATCCTCTGCCTGGCAGGGGCGGTGGCTGTCGGCTTCTTTGGGATTGCTTACTTTAACGATCATCCGGCGTTGGCTGGTGCGGTAAATCAGAACGCCGAGCGTGTGTTTATCGAACTGGCGCAAATTCTGTTTAACCCG‑TGGATTGCCGGGATTCTGCTGTCGGCAATTCTGGCGGCGGTAATGTCAACCTTAAGTTGCCAGCTGCTGGTGTGCTCCAGTGCGATTACCGAAGATTTGTACAAAGCGTTTCTGCGTAAACATGCCAGCCAGAAAGAGCTgg < 1:1731028/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |