| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 945,091 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 945,091 | 0 | A | T | 99.7% | 883.3 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (180/186); total (182/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 945,092 | 0 | C | G | 99.7% | 868.8 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (181/185); minor base A (0/1); total (182/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 945,093 | 0 | T | A | 99.7% | 875.7 / NA | 368 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (182/184); minor base G (0/1); total (182/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 368 total aligned reads displayed.
GCGCTTTGCGGAACAGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTA‑TACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTAT > CP042583/944817‑945368 ||| gcgcTTTGCGGAACAGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTA‑TACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGTAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTaa > 2:1996360/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |