| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 945,109 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 945,109 | 0 | G | C | 100.0% | 867.6 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 945,110 | 0 | C | G | 99.7% | 862.1 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (174/186); minor base T (0/1); total (174/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 945,111 | 0 | T | A | 99.4% | 862.7 / ‑3.3 | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (172/185); minor base G (1/1); total (174/187) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
AGCAGTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACGCTAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTACTGTTATTTTGTAAACCGCTAACCTGGATGGTGCTGGTTTGTCCGGTTTTACGATCTGTCACGTTCAACTGCAATTGACCATCGCGGTTGGCAATATCGACAATATAATCGTTGGTCACCATGCGGCCCGGTTTACCGGTATTAATATTGCTCAGTAGCCCACCTAAAATTTGACTCTGGATGGCCTGAGTAAAGTTATCTAACGCACTGGGTGTTTCAATACCAAAGTCATCGTTATAGCTCGGATCTTTATAAGAGTTTTGGGCCTGAGCGCTATTTAATAAAAAAGCGC > CP042583/944831‑945383 ||| agcagTGGAGAAGTTACTTGCCGGGTAGGGTTTAAATTGCCCGGTTTCGTCCTGAATGTTGTATACCGAAACAAAGATTTTACCCGTCGGCGCTGGCAGATGGGTCAAATCTTTGTAGCTCTGAGCACGAGGCATTAATGTCGGTCTGGCGGCTTCTTTAGGCGGGGCGGTTAAGCATCCGCTCAGTAACATGACGGCAACCAAAAGAAATAAGCGCTGCATGATTATTTTCCTTATGAAGCTGGGGCTTAAAAATCGGTTGAGTTATTTTGTAAACCCGAAACCTGGa < 1:1690504/289‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |