| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 948,079 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 948,079 | 0 | A | T | 99.8% | 1007.2 / NA | 419 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (200/218); minor base C (1/0); total (201/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 948,080 | 0 | G | C | 99.8% | 996.2 / NA | 419 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (199/218); minor base T (1/0); total (201/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 948,081 | 0 | T | A | 99.5% | 1002.2 / NA | 419 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (199/217); minor base C (2/0); total (201/218) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 419 total aligned reads displayed.
CCGATGGGGGTTTTACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCAGTGATGACAGCAGTATCGATCTGACCCAACGTGGCTTCGGTAACAGCGCTACTCTTGATCAGTGGAACGGCAAAAATTCTGAAATGACGGTTAAACAGTTCGGTGGTGGCAACGGTGCTGCAGTTGACCAGACTGCATCTAACTCCTCCGTCAACGTGACTCAGGTTGGCTTTGGTAACAACGCGACCGCTCATCAGTACTAATACATCATTTGTATTACAGAAACAGGGCGCAAGCCCTG‑TTTTTTTTCGGGAGAAGAATATGAATACGTTATTACTCCTTGCGGCACTT > CP042583/947799‑948358 ||| tACATGAAACTTTTAAAAGTAGCAGCAATTGCAGCAATCGTATTCTCCGGTAGCGCTCTGGCAGGTGTTGTTCCTCAGTACGGCGGCGGCGGTAACCACGGTGGTGGCGGTAATAATAGCGGCCCAAATTCTGAGCTGAACATTTACCAGTACGGTGGCGGTAACTCTGCACTTGCTCTGCAAACTGATGCCCGTAACTCTGACTTGACTATTACCCAGCATGGCGGCGGTAATGGTGCAGATGTTGGTCAGGGCTCAGATGACAGCTCAATCGATCTGACCCAACGTg > 1:622721/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |