| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 482,467 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 482,467 | 0 | A | T | 99.8% | 972.6 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (206/198); minor base C (1/0); total (207/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,468 | 0 | G | C | 99.5% | 953.3 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (205/198); total (207/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 482,469 | 0 | C | G | 99.5% | 955.3 / NA | 405 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (204/198); minor base T (2/0); total (207/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
CTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAAGCCTGAGTGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACAGCCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TAGCCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGATTATGATCTGTCTGGCGCATCTGCGTTTTCGTGCAGCGATGCGACGTCAGGGGCGTGAAACACAGTTTAAGGCGCTGCTCTATCCGTTCGGCAACTATCTCTGCATTGCCTTCCTCGGCATGATTTTGCTGCTGATGTGCACGATGGATGATATGCGCTTGAGTGCGATCCTGCTGCCGGTGT > CP042583/482191‑482740 ||| gtggtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTTTGCCGATTAACTCGCTGATTCTTTCCGGAGCGATCACGTCGTCT‑GTGGTGTTaa > 2:3026809/1‑289 (MQ=255) gtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCa > 2:2906135/1‑289 (MQ=255) gtTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTACCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGACTTTCTTTGCAGAGTAATGCGACGAAGTTTGTGTCTGGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGCAGCTTTCCGGATAGATCAC‑TTCGTTGGTGGTGTTAATCa > 2:2588669/1‑289 (MQ=255) aCTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTAt > 2:574574/1‑289 (MQ=255) ggtggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGGGCGATCAC‑TTCGCTGgtggtg > 1:1135414/1‑259 (MQ=255) ggtggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCtggtgg < 2:3075983/257‑1 (MQ=255) ggtggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGAATAACTAGCTGCTGCTTTCCGGCGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGGTAATCAACTAGTTGCTGCCGCacacaggg > 2:1706668/1‑282 (MQ=255) tggAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACCCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCTACTATCTGCTGACGCAAAACGCGtt > 2:655953/1‑289 (MQ=255) gAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCAGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTg > 1:2500731/1‑289 (MQ=255) ccAGTTGCCGGTTTGTTGGGATTTTCCAGAACCTGGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgc < 2:1625606/288‑1 (MQ=255) cGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCt > 1:1829160/1‑283 (MQ=255) tttGTGATGATTTTCCATAATCTCGCCAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATCACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCCGGGTACTGCGCCGTAGATTTTGACTCGTGTCAGCCGTCGCGGCGTGCCGATTAAGCCGCTGATGCTTTCCGGAGCCATCCC‑TTCTCGGCTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAACAGCGTTTGGTCCTCTGCTGGCCTTggaggtt > 2:1784771/1‑287 (MQ=255) tttGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGACCGATCAC‑TTCGCTGGGCGTGTTACTCAATTATCTGCTGCCGTCACAAGCGTTTGGTCTGCTGGTGGCTCgggtgtgag > 2:501546/1‑285 (MQ=255) tttCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGTTAGCAACgc > 2:1549354/1‑284 (MQ=255) tttCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACgc < 1:1549354/284‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCATGGTGGTAGCTTCTGCGCGGAACTTCGTCATTCGGGTAGCATGGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGGCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 2:2274908/289‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 2:2176107/289‑1 (MQ=255) aaTCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACt < 1:574574/289‑1 (MQ=255) cGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCAC‑TTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACGCTGCTGTTGAACTGGAtt < 1:976952/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |