Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 951,938 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 951,938 | 0 | A | T | 100.0% | 679.2 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 951,939 | 0 | C | G | 99.6% | 675.3 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (143/137); minor base T (1/0); total (144/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 951,940 | 0 | T | A | 100.0% | 677.7 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (144/137); total (144/137) |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CGTTTGCATGACAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACGCTTAGTTTTACCATGCTGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGACTTATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAG > CP042583/951659‑952217 ||| aCAATAAAATTGAACATGCCATTACTCAGAATGGGCGGATACACAATAAAAATCGTTCTTCTTATTACCGCATAACCGATGCCGAGGCATAAAAAAATCACCGATAGTTTTACCATCGAGAATTTTTTATTCGTTTTATCAGAATTTTCTAAATTATTTCTGATGCGCTTAAATATCCATACGCACAGCGTCGTCATGACCACTAACACCAGTAAAAACCACAGGTGTGATATTAATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACAGCCCAGGCCAACtt > 2:2580539/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |