| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 952,175 | 6 bp→TGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 952,175 | 0 | A | T | 99.5% | 872.4 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (183/180); minor base G (2/0); total (186/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,176 | 0 | C | G | 100.0% | 878.2 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (186/180); total (186/180) | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,177 | 0 | T | A | 99.7% | 882.6 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (185/179); total (186/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,178 | 0 | A | T | 99.7% | 881.3 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (185/180); total (186/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,179 | 0 | C | G | 99.7% | 881.0 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (186/179); minor base A (0/1); total (186/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 952,180 | 0 | T | A | 99.7% | 885.3 / NA | 366 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (185/180); minor base G (1/0); total (186/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
AATTCCCAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAAACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAACC > CP042583/951903‑952450 |||||| cccAGGCCAACGTATTATATTTGTCATACAATGACCGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTAGGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTcac < 1:308114/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |