Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 952,211 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 952,211 | 0 | G | C | 99.7% | 712.3 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 952,212 | 0 | C | G | 100.0% | 707.6 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (148/150); total (148/150) | |||||||||||
* | CP042583 | 952,213 | 0 | T | A | 100.0% | 719.3 / NA | 298 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (148/150); total (148/150) |
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ACTCAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTA‑GGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAAGCTGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAAACTACTTTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTGCTATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGATGGAGTCGAGGAAATATTCACGTTGCGCGGGTACTGGGTTCATATATGGTTAACTAATCTCGGATTTTTCGTCTTATCCCTGTCGGGTTATGCCTTTAGGCTTGTTGCCATAGTGACACCGACCTGACCGCGCCAGGCGCAGGCTTCAAGGTTTTTATGCATAGCATCATCGCTACCACTAACCAGAATGGAAGCGTCTGTAAGACGGTTGATAAATAAATTT > CP042583/951938‑952489 ||| tgacAGCCCAGGCCAACTTTCCGCTTTTCCTTTGACATATTGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTA‑GGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGaa < 1:2311717/286‑1 (MQ=255) 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cATAGTGCAACATAATTAATTGCAGGAATGTCAGTA‑AGGGTATGGCTGTTATCATCTGGATACCTACACGTTAGACACGTAATTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATATAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCAGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACTATGATGATGCCGCGCTATTCACACGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTAACCCTAACAACATCAGCCAGgc < 2:1890085/289‑1 (MQ=255) tGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTA‑GGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAacaaca < 2:2043063/274‑1 (MQ=255) tGCAGCATAATAAATTGCGGTAATGTCAGTA‑GGGGGATGGCTGTTAACATCGGGATACCTACACGTTCGACACGTACTTTCCACCATTTTTTCAAGGGATAGCGTAAAAAAAGCATGTAGGAAAAGTAGCCGGATATAACGAAAAATACCTGCATGCGGAACGAGTGGATGAAGTCATTAAAAAGGGTCAGCCACAATGATGATTCGGCGCTATTCACATGCCATGTATGGCTCGAATAGATTAAAGAAATATGAAAAGGTATCCCTAACAACATCAGCCAGGCGCGGa < 1:2210051/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |