| Predicted mutation | ||||||
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| RA | CP042583 | 484,136 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 484,137 | 0 | C | G | 99.3% | 1050.4 / NA | 445 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (215/226); minor base T (3/0); total (218/227) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 484,138 | 0 | T | A | 99.6% | 1062.5 / NA | 445 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (217/226); total (218/227) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 445 total aligned reads displayed.
CCCGGCTCGTTATAGGTATACGCCCCGGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCA > CP042583/483858‑484417 ||| ccGGCTCGTTATAGGTATCCGCCCCGGCACCGGCGATATAGTTGGCCCCTGCCAAATCGCCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTc < 1:1990548/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |