Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,036,025 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,036,025 | 0 | A | T | 100.0% | 622.4 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,036,026 | 0 | C | G | 99.2% | 618.0 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (122/134); minor base T (1/1); total (123/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,036,027 | 0 | T | A | 100.0% | 623.7 / NA | 258 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (123/135); total (123/135) |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
AGTTTCCCGGAAGCGTTGTTGAAACTTTGACTGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGACTATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGCCAGGGGATGACCTGATCGAGATATTTATTATAAAGATCTAATGCTCCATCTGCGGTTTCGATTGCGTTTTTAACTACTTCTACCGTTTTATCTGCAACGATTTCAGTCATAATCATTCGCCTCTTTAAATATATAAATTGTAATGAAACTCCTGTTTTACAACTATTAATAAATTTTACTTCATCTAATTCATAGTTAGCCGGGCGGGATGCGTCAATGTCTTTAT > CP042583/1035747‑1036305 ||| ccGGAAGCGTTGTTGAAACTTTGTGAGCTTACCAGCAGGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTaa < 1:1400418/289‑1 (MQ=255) 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atggATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGt < 2:1842655/285‑1 (MQ=255) agtgATTTTTTCGGTTAATTCAGCTTCGTGCTGCCGTCATCCAATACCTTAATGGGAATGTCGTTCTGGTCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAACATATACGCGGCGAGCAATTGCATCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGt < 2:2872662/284‑1 (MQ=255) agtgATTTTTGCGGTTCATTCAGCTTCGTGATTCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAACTAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGt < 2:953134/284‑1 (MQ=255) agGGATTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGt < 1:439761/287‑1 (MQ=255) aTTTTTGCGCTTCATTCAGCTTCGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCACAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGcc < 2:2411318/288‑1 (MQ=255) cGTGATGCCGTCATCCAGTACCTTAATGAGAATGTCTTTCTGGGCGGATGCTTTCTTCTCATTGTACTCATCAAATAGCAAAATATACGCTGCGAGCAATTGCGTCGCAACACCACACCATTCATACACTGTTTGGGTTGCTTCAAAATACTTATCCTGGCTATCCATAAGTAAGGTTTTAATATCGCCGACTAAAACGGAGGCTGCCTGTGAATACTCCTGTTTAAAGCGACTTAACTCTTTTATGGTTTCATCAAAGGTCTGcc < 1:2899657/266‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |