Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,037,071 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,037,071 | 0 | A | T | 99.7% | 911.3 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,037,072 | 0 | G | C | 99.5% | 910.6 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (195/183); minor base A (1/1); total (196/184) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,037,073 | 0 | C | G | 100.0% | 909.5 / NA | 380 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
TATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACAGCCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTAAGCAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAGGCAAAGGCGCTTGGCGTTAAAATGGGCGATCCCTGGTTCAAACAAAAAGATCTGTTTCGTCGCTGTGGCGTGGTTTGCTTTAGCAGCAATTATGAGCTTTACGCAGACATGAGCAATCGGGTGATGAGCACGCTGGAAGAGCTAAGCCCCCGCGTCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCGCGCAA > CP042583/1036792‑1037356 ||| tATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATg > 1:2902642/1‑289 (MQ=255) tATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATg > 1:2353860/1‑289 (MQ=255) gccagccaTGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTg < 1:2100107/289‑1 (MQ=255) agccaTGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGt > 1:1001456/1‑289 (MQ=255) 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atTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGaa > 1:444443/1‑288 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGACGGTTGCGTTATCGCCCGAAACGCTGAgg < 1:651762/289‑1 (MQ=255) ggCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTACTCGCCCATTACCATCAGTAGTGAAGATACGCTGGATGTCTTTGGTGTGGTGATCCACGTCGTTAAGGCGATGCGCTGATGTTTGCCCTCTGTGATGTAAACGCGTTTTATGCCAGCTGTGAGACGGTGTTTCGCCCTGATTTATGGGGTAAACCGGTGGTTGTGCTATCGAATAATGa < 1:1947688/247‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |