Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,037,479 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,037,479 | 0 | A | T | 99.7% | 759.0 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (170/145); minor base A (0/1); total (170/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,037,481 | 0 | T | A | 100.0% | 762.8 / NA | 316 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (170/146); total (170/146) |
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
TTACGCAGACATGAGCAATCGGGTGATGAGCACGCTGGAAGAGCTAAGCCCCCGCGTCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCGCGCAACGGTGCTACAACGTACCCATCTTACTGTTGGTGTGGGGATCGCCCAGACCAAAACGCTGGCTAAGCTTGCCAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTAAGTAATCTGGAACGCCAGCGTAAATTAATGTCTGCTCTCCCCGTGGATGACGTCTGGGGGATTGGACGGCGGATCAGCAAAAAACTGGACGCGATGGGGATCAAAACCGTTCTCGATTTGGCGGATACAGATATCCGGTTTATCCGTAAACATTTTAATGTCGTGCTCGAAAGAACGGTGCGTGAACTGCGCGGCGAACCCTGTTTGCAACTGGAAGAGTTTGCACCGACGAAGCAGGAAATTATCTGTTCCCGCAGCTTTGGTGAACGCATCACGGATT > CP042583/1037208‑1037758 ||| ttACGCAGACATGAGCAATCGGGTGATGTCGACGCTGGAAGAGCTATCGCCCCGCATCGAGATTTACAGTATTGATGAGGCATTCTGCGATCTGACAGGTGTGCGTAATTGTCGCGATCTGACTGATTTTGGCAGAGAAATTCGCGCAACGGTGCTACAACGTACCCATCTTACTGTTGGTGTGGGGATCGCCCAGACCAAAACGCTGGCTAAGCTTGCCAATCATGCGGCAAAAAAATGGCAGCGGCAGACGGGTGGGGTGGTGGATTTATCAAATCTGGAACGCCa > 1:1217720/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |