| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 484,196 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 484,196 | 0 | G | C | 99.7% | 853.4 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (167/193); total (167/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,197 | 0 | C | G | 99.7% | 862.9 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (166/194); total (167/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 484,198 | 0 | T | A | 99.4% | 861.5 / NA | 361 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (165/193); minor base C (1/1); total (167/194) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
CCCGTGGTCTGGGCATTACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATGCTCAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTACTGTTCAACGTATACTCCGGGATGATGCTCAAACGGTCGCCCGTGGTTTTGTTTTCACTCTTCAGCATATAAGTGATGTTATTGGTCCACATCACCGTTTCGCTAACCGGTACGTTTAAGCTTCCTTCCAGACCTTCAACCACCGCTTTCGGCACGTTATCCCACTGATAGAGATCGGTGCCGACTGCGTTTTGCCCTACAGCCACATAGCCCGCTTCAATCTTATTGCGATAATCGTTACGGAACCAGGTGACGCCCGCCAGCCACCCGTCGCGTTTGAACTCCAGACCAATCTCTTTGTTGATG > CP042583/483918‑484475 ||| tACCCGCACGCCACAAACGTTTGTCGAACAGATTGTCCACGCCGCCGGTCAGACTGACATTCTTCGTCACATCCCAGGTCGCGCTCAGGCCAACAATGCTGTAAGGACTAATTTCTTTGGTTTCCGGTCCAACCGCTGGCTGACCTTTATAGTTGTACTTCTTCGGCTGCTGCTTGCCGTACCAGGTGAAGGTCGTTTGCATCGACAAATCTTCCCGTGCCTGCCAGCTCAGCGTTGAGTTCAACGTATACTCCGGGATGATCGACAAACGGTCGCCCGTGgttttgtt > 1:1950310/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |