Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,040,844 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,040,844 | 0 | A | T | 99.5% | 987.5 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,040,845 | 0 | G | C | 99.8% | 993.1 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (199/213); minor base T (1/0); total (200/213) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,040,846 | 0 | T | A | 100.0% | 999.8 / NA | 413 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (200/213); total (200/213) |
Only 100 of 413 total aligned reads displayed.
AAAGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTAGTGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCAACATGGCAAGCCGACGAAGGTGAATAATTTCTGGGAAACTTCCGGTTTAAATATCCTTGAAACACTGGCGCGACTGGATCACGAAAGTGTGCCGCAGCTTATTGATAATTTGCTGAGCGTGCGTACCAATATTTCCACTATTTTTATTCGCACCGCGTTTCGTCAGCATCCCGATAAAGCGCAGGAAGTGCTGGCTAC > CP042583/1040565‑1041121 ||| aaaGCTTAACGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGaattaa < 1:684090/289‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGt < 1:326107/289‑1 (MQ=255) aCGGTCAGGCAGGAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTa < 1:1850093/289‑1 (MQ=255) aggcaggAGTGAGGCAAGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGt > 1:3106413/1‑289 (MQ=255) 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aGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAg > 1:2412476/1‑289 (MQ=255) aGTCTTGATAGTCAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAg > 1:2242876/1‑289 (MQ=255) cAAGGGGAAAGAGATGCGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAg > 2:479140/1‑277 (MQ=255) 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cGGAAAATGAAGCCTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTCCAGAATTAATTGGCGTAACGTGTACTACGTTACGTGAAGTCTTTCAGCGTCTGGCCCGAGATGGcgg > 2:1821426/1‑287 (MQ=255) cTTGATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGTTGACCATTCa > 1:2146502/1‑288 (MQ=255) gATCCCTTTTTCTTCTTTTTGTCTGCTATCAGCGTAGTTAGCCCTCTGGTATGATGAGTCCAACTTTGTTTTGCTGTGTTATGGAAATCTCACTATGGTCATTAAGGCGCAAAGCCCGGCGGGTTTCGCGGAAGAGTACATTATTGAAAGTATCTGGAATAACCGCTTCCCTCCCGGGACTATTTTGCCCGCAGAACGTGAACTTTCAGAATTAATTGGCGTAACGCGTACTACGTTACGTGAAGTGTTACAGCGTCTGGCACGAGATGGCTGGtt < 2:771812/276‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |