| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,042,878 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,042,878 | 0 | A | T | 99.7% | 811.3 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (182/154); minor base C (0/1); total (182/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,042,879 | 0 | C | G | 99.1% | 802.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (179/156); minor base T (3/0); total (182/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,042,880 | 0 | T | A | 99.7% | 811.1 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (182/155); total (182/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
TACTGGCGTCGGTCCAGCTACGGAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAAACTCCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCACTGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCAAACGTGTGGTGTCCTTATTCATAGAATCGATCGTCGCCATACGCGCACCTCATTGTTGTCGGCGCTCTCTGTGTGGAGCACCTCATTTCAAGCATAGAACACCTGTTAAAAACCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAG > CP042583/1042604‑1043155 ||| aaCTGGCGTCGGTCCAGCTACGGAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAATGACCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCTGAGGTTATCACTTc > 1:1692897/2‑289 (MQ=255) 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TACTGGCGTCGGTCCAGCTACGGAATAAGTAATTGTTTTTGAAGAAAGAGTTATGCCCATAGCAGGCATGAGCCATCACCAGCGCTTGCATGGTAATGGTGTTCTCTTCCATCAGGTAAGCGATACACGGGTTAGAGTTAATGACGATTTCATAGGCCAGTCCTTGCTGACCGTGCTTATACAGCCGTTCAGTCTCGATAAACTTTTTACCGAAACTCCAGTGCGGATAGTTAATTGGCATGCCGACGCTGGAGTAGGCATCCATCATCTGTTCACTGGTTATCACTTCAATCTGGTGCGGGTAGGTATCCAGCCGGTAGAGTTTCGCCACCCGGTCTATCTCTGCCAGATAAACATCCAGCAGGTCGAACGTCCAGTCGGGTCCATCGCTCAAACGTGTGGTGTCCTTATTCATAGAATCGATCGTCGCCATACGCGCACCTCATTGTTGTCGGCGCTCTCTGTGTGGAGCACCTCATTTCAAGCATAGAACACCTGTTAAAAACCGCGTCGCCGGAGAATTTTTTTCTTTGCGATTTCTTATTATCAGAG > CP042583/1042604‑1043155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |