| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,045,571 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,045,571 | 0 | A | T | 99.0% | 667.0 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (139/145); minor base C (3/0); total (142/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,045,572 | 0 | G | C | 99.3% | 666.5 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (140/144); total (142/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,045,573 | 0 | C | G | 99.7% | 680.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (140/145); total (142/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GCATTATTTTGTATGGCGCTAGCCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCAGCATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGC‑GCG‑CTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGAT > CP042583/1045299‑1045851 ||| gCATTATTTTGTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTTGGGACCGGCTCGATGGATATGcgcgc > 2:2027925/1‑285 (MQ=255) ttaatTTGTTTGGCGCTTCGCCGTCCGGTAAGTGGCGTGCTATGGGCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGt < 2:520413/289‑1 (MQ=255) gTATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCCTTGTCGCCGCAGGGTCCGCCGACGGTTAACCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCGTTTTCCGGGGACGGCGTGCGTACCATGAAGGTGGGCACCGGCTCGGTGGATATGCTAGCGGTctgcttc > 2:1459086/1‑283 (MQ=255) tATGGCGCTTCGCCGTCCGGTCAGTGGCGTGATATCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGt < 2:284142/281‑1 (MQ=255) 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tCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCg < 2:3154048/266‑1 (MQ=255) tCGCCAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCg > 1:3154048/1‑266 (MQ=255) ccAATACCGGATTACGTCCGGTGATGACGCTAAGCAGTGAGATTATTGGTGTCCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCCCCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCTGGCGGTTTACCGCCTTGCCCGCCGGCGGGTATTGGttcccctgctgc > 2:2320680/1‑278 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |