Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,048,846 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,048,846 | 0 | G | C | 99.7% | 843.4 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (174/181); total (175/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,048,847 | 0 | C | G | 99.7% | 839.8 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (174/180); total (175/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,048,848 | 0 | T | A | 99.4% | 839.4 / NA | 356 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (172/180); minor base G (1/1); total (175/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 356 total aligned reads displayed.
AAATGAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCGCTTGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCATGCCGCTTAGGTGTGCCGTTGTCACCTCAACGGCGATTCCAGGCTATAAGGATAGAAGAAGTGAAATTGAGATGGTTTGCCTTTTTGATTGTGTTATTAGCGGGTTGTAGTAGTAAGCATGACTATACGAACCCGCCGTGGAACGCGAAAGTTCCGGTGCAACGTGCGATGCAGTGGATGCCAATAAGCCAGAAAGCCGGTGCAGCCTGG > CP042583/1048569‑1049124 ||| tGATCAACTGGTCTGGGTGTAGGCGAGAAACAAGTGCTTGCCAGTAAATATCGGCCAGTAAACGCCTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCAAGCACGATGGTGTGGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGAGCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTaa < 2:2600147/289‑1 (MQ=255) gAGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAg < 1:119609/289‑1 (MQ=255) aGCAACGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGCTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGGAAGGCGCCTGATAGCACGAAACGCGGCGGGCGGTTTAATTCAGTACACCG‑ATGGGGCAATTAAGt > 2:2126215/1‑289 (MQ=255) cGGGTCATGTTGTTGGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAAc > 1:2221348/1‑289 (MQ=255) cGGGTCATGTTGGTGGCGAGCAGCCAGTGCCTGACAGTCAACAGCGGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAAc < 2:1830038/289‑1 (MQ=255) tgGCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCaa > 2:1676299/1‑289 (MQ=255) ggCGAGCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTACAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCACCGAGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTCATGCATTA‑ACCCGATGGGTCAATTAAGGGAAACAGAGAAATGGAAAt > 2:765987/1‑289 (MQ=255) cggAGCCACCAGTGCCTCCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAAt < 2:2089832/286‑1 (MQ=255) gCCACCAGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCtt > 2:1994220/1‑289 (MQ=255) ccaccaTTGCCGGCAGTTAAATAACGGCCAGTAAACGACTGGCGCCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGTGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGACCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTCTTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTg < 2:2232145/289‑1 (MQ=255) accaGTGCCTGCCAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGCTGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGTGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGCTGGGGCAATTAAGGGAAACAGAGACATGGCAATTCGTTGCt > 2:1244/1‑289 (MQ=255) tgccAGTCAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATCAAGTGAAACAGAGACATGGCAATCCCTTGCTgcacacaga > 2:92764/1‑281 (MQ=255) cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 2:1084137/286‑1 (MQ=255) cAATATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACg < 1:1966385/286‑1 (MQ=255) aaTATCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAAt < 1:2742729/289‑1 (MQ=255) tCTGCCAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGtat > 1:181778/1‑289 (MQ=255) ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa > 1:717161/1‑289 (MQ=255) ccAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa > 1:3159082/1‑289 (MQ=255) cAGTAAACGACTGGCACCGTAACCGCCGCGTACAGCCAGCACGATGGTGTTGGGGGTAGTCAGTCTGGCAAGGGAATTGAGATCTTCCAGACGCTCTGTTTCCGTACCCGCAAAACGCTCACAACGACGGGCAATAACCTCGACGTTATTGACTTGATGCCCCGCGTCGGTAAGGCGCTGGATACCACGCAGCGCGGCGTGCTGTTTAATGCAGTA‑ACCCGATGGGGCAATTAAGTGAAACAGAGACATGGCAATTCCTTGCTGACAACAGAAACGAAATGTATATCa < 1:1676299/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |